hh.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
State of the art prediction of HIV-1 protease cleavage sites
Högskolan i Halmstad, Akademin för informationsteknologi, Halmstad Embedded and Intelligent Systems Research (EIS), CAISR Centrum för tillämpade intelligenta system (IS-lab).ORCID-id: 0000-0001-5163-2997
Högskolan i Halmstad, Akademin för informationsteknologi, Halmstad Embedded and Intelligent Systems Research (EIS), CAISR Centrum för tillämpade intelligenta system (IS-lab).
Uppsala University, Uppsala, Sweden.
2015 (Engelska)Ingår i: Bioinformatics, ISSN 1367-4803, E-ISSN 1367-4811, Vol. 31, nr 8, s. 1204-1210Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Motivation: Understanding the substrate specificity of HIV-1 protease is important when designing effective HIV-1 protease inhibitors. Furthermore, characterizing and predicting the cleavage profile of HIV-1 protease is essential to generate and test hypotheses of how HIV-1 affects proteins of the human host. Currently available tools for predicting cleavage by HIV-1 protease can be improved.

Results: The linear support vector machine with orthogonal encod-ing is shown to be the best predictor for HIV-1 protease cleavage. It is considerably better than current publicly available predictor ser-vices. It is also found that schemes using physicochemical proper-ties do not improve over the standard orthogonal encoding scheme. Some issues with the currently available data are discussed.

Availability: The data sets used, which are the most important part, are available at the UCI Machine Learning Repository. The tools used are all standard and easily available. © 2014 The Author.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Oxford: Oxford University Press, 2015. Vol. 31, nr 8, s. 1204-1210
Nyckelord [en]
Bioinformatics, HIV-1
Nationell ämneskategori
Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:hh:diva-27165DOI: 10.1093/bioinformatics/btu810ISI: 000354453700007PubMedID: 25504647Scopus ID: 2-s2.0-84927720595OAI: oai:DiVA.org:hh-27165DiVA, id: diva2:768706
Tillgänglig från: 2014-12-04 Skapad: 2014-12-04 Senast uppdaterad: 2018-03-22Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Personposter BETA

Rögnvaldsson, ThorsteinnYou, Liwen

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Rögnvaldsson, ThorsteinnYou, Liwen
Av organisationen
CAISR Centrum för tillämpade intelligenta system (IS-lab)
I samma tidskrift
Bioinformatics
Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 293 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf