hh.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Detection of cleavage sites for HIV-1 protease in native proteins
Högskolan i Halmstad, Sektionen för Informationsvetenskap, Data– och Elektroteknik (IDE), Halmstad Embedded and Intelligent Systems Research (EIS).
2006 (Engelska)Ingår i: Proceedings of LSS Computational Systems Bioinformatics Conference: Computational Systems Bioinformatics Conference (vol. 5), Imperial College Press, 2006, s. 249-256Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
Abstract [en]

Predicting novel cleavage sites for HIV-1 protease in non-viral proteins is a difficult task because of the scarcity of previous cleavage data on proteins in a native state. We introduce a three-level hierarchical classifier which combines information from experimentally verified short oligopeptides, secondary structure and solvent accessibility information from prediction servers to predict potential cleavage sites in non-viral proteins. The best classifier using secondary structure information on the second level classification of the hierarchical classifier is the one using logistic regression. By using this level of classification, the false positive ratio was reduced by more than half compared to the first level classifier using only the oligopeptide cleavage information. The method can be applied on other protease specificity problems too, to combine information from oligopeptides and structure from native proteins.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Imperial College Press, 2006. s. 249-256
Nyckelord [en]
Bayes Theorem, Binding Sites, Cluster Analysis, Computational Biology, HIV Protease, HIV-1, Oligopeptides, Peptides
Nationell ämneskategori
Biologiska vetenskaper
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:hh:diva-2121Scopus ID: 2-s2.0-34250823439Lokalt ID: 2082/2516OAI: oai:DiVA.org:hh-2121DiVA, id: diva2:239339
Konferens
LSS Computational Systems Bioinformatics Conference
Tillgänglig från: 2008-11-11 Skapad: 2008-11-11 Senast uppdaterad: 2018-03-23Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(357 kB)133 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 357 kBChecksumma MD5
6a3ef55cdd157274612c4dcdaefd66e07f3366838fe3686b5952a2fe09e7031a010b141235a94d38670bd1adf978251966c85974e0d4cd3c213c32d38d62359b83144803f9c837f12e9625387b1000d7
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Scopus

Personposter BETA

You, Liwen

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
You, Liwen
Av organisationen
Halmstad Embedded and Intelligent Systems Research (EIS)
Biologiska vetenskaper

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 133 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 113 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf